FSR’s øverste myndighed er generalforsamlingen, der vælger foreningens bestyrelse for et år ad gangen. Der er formandsskifte hvert tredje år.
Sekretariatet ledes til daglig af en direktion, der består af en adm. direktør og en direktør.
Sekretariatet er inddelt i 5 enheder:
Faglig Interessevaretagelse
Medlemsservice
Kommunikation
Kurser og Konferencer - FSR Kompetence
Økonomi, HR, IT Hver enhed ledes af en enhedschef.